Родился в 1970 г. в Брянской области.
В 1992 г. окончил Серпуховское высшее военное командно-инженерное училище ракетных войск стратегического назначения, в 2001 г. – Государственный университет управления в Москве.
В 1992-1995 гг. служил в вооруженных силах РФ.
В 1995-2000 гг. работал на предприятиях топливно-энергетического комплекса. С 2001 по 2006 гг. занимал руководящие позиции в компаниях группы «Северсталь». Позднее работал директором по управлению активами ОАО «Кировский завод», принимал участие в проекте создания системы легкорельсового транспорта в Санкт-Петербурге в качестве заместителя генерального директора ОАО «Надземный экспресс». До перехода на работу в Пулково занимал пост коммерческого директора ОАО «УК АГРО-Инвест».
С апреля 2010 г. являлся директором по снабжению ООО «Воздушные Ворота Северной Столицы».
В феврале 2016 года Сергей Эмдин покинул пост генерального директора ООО «Воздушные Ворота Северной Столицы» (ВВСС), управляющей компании аэропорта Пулково. Решением совета директоров компании новым генеральным директором назначен Сергей Фурс.
Женат, воспитывает дочь.