Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины» в соответствии с Приказом ФАНО России №501 от 18 октября 2016 года создано путем реорганизации ФГБНУ «Научно-исследовательский институт экспериментальной и клинической медицины» в форме присоединения к нему ФГБНУ «Научно-исследовательский институт молекулярной биологии и биофизики», ФГБНУ Научно-исследовательский институт биохимии», ФГБНУ «Институт молекулярной патологии и патоморфологии».
Полное наименование Учреждения после завершения мероприятий по реорганизации – Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины», сокращенное наименование – ФИЦ ФТМ.
Учредитель Министерство науки и высшего образования Российской Федерации.